Sebagai sebuah organisasi, tentunya HIMATIKA memiliki logo tersendiri sebagai tanda pengenal dalam menjalankan kegiatannya.

Logo HIMATIKA memiliki beberapa makna, diantaranya:
- Lingkaran: melambangkan bentuk persatuan tiada batas,
- Warna Biru: berdasarkan ilmu psikologi, warna biru melambangkan pemikiran yang jernih dan meningkatkan konsentrasi.
- Segitiga: menyatakan 3 tugas kodrat seorang Muslim di alama semesta, yaitu hubungan dengan Allah, hubungan dengan sesama manusia, dan hubungan dengan alam.
- 24 buah segitiga: dimaksudkan bahwa terdapat 24 jam dalam sehari yang harus digunakan sebaik mungkin oleh mahasiswa matematika di kehidupan sehari-hari.
- Simbol ζ (Zeta) dan φ (Phi): merupakan simbol dalam matematika yang melambangkan ciri khas dari prodi matematika.
- Tulisan “Himpunan Mahasiswa Matematika”: melambangkan organisasi yang dibentuk oleh mahasiswa matematika memiliki visi dan misi yang sama.
- Tulisan “FST UIN Syarif Hidayatullah Jakarta”: melambangkan sebuah organisasi yang bernaung dan bertempat di Fakultas Sains dan Teknologi UIN Syarif Hidayatullah Jakarta.
- Gambar 4 arah Panah: menyatakan bahwa mahasiswa matematika harus memiliki pandangan luas dan ke segala arah.